вижу два варианта:
1) или Вы подменяете битриксовый обработчик формы на свой; сначала исполняете свой скрипт, а потом отправляете форму так, как было раньше
2) или наоборот - в коробочном коде засовываете вызов своего кода в обработчик результата отправки формы