если в какой нибудь версии питона заголовочный файл типа проект.prj как в других языках для описания структуры проекта и не напарываться на закольцовывание ссылок?
Нет такого, единственное что есть зрелое, так это pyproject.toml и poetry.lock (poetry), в котором описывается версия python и необходимых библиотек для текущего проекта. А от циклических импортов можно спастись лишь руками, заранее грамотно проектируя проект и вынося нужный функционал в модули и пакеты.
