По ssh можно копировать файлы с помощью scp
копировать на сервер:
scp /путь/к/локальному/файлу username@hostname:/путь/к/папке/на/сервере
копировать с сервера:
scp username@hostname:/путь/к/файлу /путь/к/локальной/папке
Настраивать для этого ничего ненужно
ssh соединение защищено шифрованием
Если задача копировать файлы на сервер или с него этого обычно достаточно.