восстанавливай не средствами proxmox а изнутри виртуальной машины, загрузившись с какого-нибудь livecd (соответственно и бакап делать тоже изнутри)
по уму в командной строке утилитой vma можно распаковывать файлы из .vma бакапов но неудобно и я так понимаю не восстанавливает какие-нибудь права ntfs, атрибуты или еще что-нибудь критичное для завпуска ос.