Если я вас правильно понял, то Вам нужно применить выбранный фильтр к bitrix:catalog.section.list.
Предположим, что Вы уже настроили добавление GET параметра фильтра в адресную строку.
...
$GLOBALS['arSectionFilter'] = [];
$request = \Bitrix\Main\Context::getCurrent()->getRequest();
$filterValue = $request->getQuery('filtername');
if ($filterValue) {
$GLOBALS['arSectionFilter'] = [
'UF_CUSTOM_FIELD' => $filterValue
];
}
$APPLICATION->IncludeComponent(
'bitrix:catalog.section.list',
'',
array(
'FILTER_NAME' => 'arSectionFilter',
...
)
)