Ну если не большие, что мешает граф хранить в графе. Обойтись без преобразования, а использовать сереализацию. Модуль pickle, или методы сереализации предусмотренные библиотеками, которыми ты пользуешься для работы с графами. Например самая популярная библиотека для работы с графами (networkx) естественно имеет методы сереализации write_graphml. Поддерживает разные форматы и т.д.