Если приложение использует стандартную палитру, то ничего у вас не выйдет.
В 99.99% случаев приложения не говорят «сделай это цветом rgb(255,0,0)», они говорят «сделай это цветом ярко-красный из палитры», а палитра в терминале одна на всех и вы именно её и определяете в настройках терминала.
Если вы на место «ярко-красного» в палитре поставили цвет rgb(0, 255, 255), то приложение об этом никак не узнает.