Gnome и Qt - разные библиотеки, настройки в одной из них (даже если они представлены как "системные") другую не меняют.
Самый тупой и примитивный, для чайников и любителей темных тем, вариант - поставить в систему Кеды (метапакетом kde-plasma-desktop), выйти из Гнома, войти в Кеды, сделать настройки, вернуться в Гном и радоваться.
Считающим себя более продвинутыми, но упорствующими в темных темах - поискать среди пакетов те, которые только настраивают Qt под Кедами (наизусть не помню, мне темнить не требуется).
