Дмитрий, у MySQL есть встроенный штатный планировщик. Так что привлечение внешнего планировщика, да ещё которому придётся каждый раз грузить CLI - неразумно.
1. Что именно обновляет строку? твоя программа? внешняя программа/сервис/процесс, которым ты не управляешь? Можно ли модифицировать обновляющий запрос?
2. Обновляется всегда одна и та же строка? Или всегда только одна, но каждый раз разная?
3. Постоянно - это как часто? скажем, 10 раз в секунду, или там 2 раза в минуту, или как?
4. Другая строка внутри таблицы - это существующая уже строка? или должна создаваться новая? или бывает и так, и эдак?
Измените запрос update, который делает обновление в этой таблице, чтобы в where подставлялся не конкретный id строки, а было условие, которое соответствует всем строкам, которым нужно сделать обновление.