Где сертификат будет ставиться, там и делай CSR. Потому что кроме CSR, ты еще сделаешь ключ к сертификату, чтобы не таскать его лишний раз туда-сюда. А теоретически - можно делать где угодно, просто потом для вящей безопасности скрути полученный от заказчика сертификат вместе с ключом и его корневым сертификатом в p12.