Связь типа M:N между продуктом и материалом должна трактоваться как самостоятельная сущность. И, как любая другая сущность, она может иметь свои собственные атрибуты.
можно ли в промежуточную таблицу добавлять поле amount или это считается недопустимым?
Количество в данном случае - атрибут именно связи, а не продукта и не материала. Посему поле количества в связывающей таблице не только допустимо, но и единственно правильно. При условии, что на комбинацию полей
(product_id, material_id) наложено требование уникальности. Иначе должна существовать ещё одна таблица, которая ссылается на связующую таблицу и содержит поле количества.