Модуль B использует данные из Модуля A
Что за данные?
смаке оперирует целями и зависимостями, а не данными.
Зависимости можно указать с помощью add_dependencies, подключить библиотеку с помощью target_link_libraries.
Если у вас в каком-то из модулей генерируются какие-то данные, то, видимо, там есть custom_target - укажите его в зависимостях вышележащего уровня.