Согласен с
dollar отчасти, но попробую дать направление.
Для старта таймера делается некий запрос, например переход на страницу start_timer.php
Здесь скрипт берет текущее время, прибавляет к нему необходимый интервал, например пять минут, записывает новое время куда-нибудь, например в базу данных.
Далее пользователь отправляется на скрипт ожидания wait_timer.php
Этот скрипт берет текущее время и время из базы, вычисляет разницу, если она положительная, то формирует html страницу с javascript таймером, передавая туда вычисленную разницу - это время, которое осталось до окончания работы таймера. Джаваскрипт таймер начинает тикать. Когда дойдет до конца, он сделает обновление страницы. Скрипт wait_timer.php снова проверит оставшийся интервал, если он стал нулевым или отрицательным, отправит пользователя на третью страницу end_timer.php. Если разница все еще положительная, скрипт wait_timer.php так же сформирует страницу с js таймером и отдаст ее.
Разделение скриптов на start, wait и end - условное. Это вполне может быть один и тот же скрипт (страница), просто где-то на сервере, сохраняется состояние для текущего пользователя, что его таймер уже запущен, или наоборот еще не запущен.
В таком простом варианте не учитывается разница времени из-за длительности http-запроса, поэтому, если нужна миллисекундная точность, то нужно будет применить дополнительные методы синхронизации.
