Попытка угадать.
Файл не битый? Открывается в Ai нормально, размер файла и т. п. все в порядке? Слои устроены как надо?
Если выбрать не композицию, а другие варианты, то импортируется?
В файле ai есть сложные эффекты, которые Ae может не поддерживать?
Если сохранить в другие поддерживаемые форматы (например, EPS или SVG), и импортировать, то что происходит?
Версии ПО совместимые?
Перезагрузка ПК помогла?
PS Приложение к вопросу файлов могло бы упростить задачу)