При удалении публичного репозитория его fork'и остаются: "Deleting a private repo will delete all forks of the repo. Deleting a public repo will not." То есть вам нужно искать пользователей, которые сделали fork.
Что же касается сервисов, дублирующих все публичные репозитории Github'a, не думаю, что такие есть.