Возможно это происходит потому, что плагин Isotope сортирует элементы на странице в соответствии с заданными критериями, которые могут отличаться от порядка элементов в исходном HTML-коде.
По дэфолту плагин Isotope сортирует элементы с помощью CSS-свойства order, которое можно задать для каждого элемента в HTML-коде. Если ты не задал свойство order для элементов в HTML-коде, то плагин будет сортировать их в порядке, указанном в DOM-дереве.
В любом случаи напиши свой вопрос по подробнее