Немного не понимаю вашего вопроса, вы всё правильно делаете. Можно для каждой страницы создавать директорию, а в ней считывать index.html, но это немного не правильно. Хотя решит проблему, если у вас сотня страниц и разделов сайта, тогда будет логично разделить разделы на директории. Не совсем понял проблемы с первзагрузкой, страницы на вашем сайте и должны перезагружается, у вас ведь не SPA приложение, а HTML сайт.