gulp cheerio как то странно работает, он портит некоторые svg иконки, их не видно, у них нет цвета и fill(заливка) на них не работает, может вообще его не использовать?
Вы несколько раз используете метод removeAttr, чтобы удалить атрибуты fill у элементов (если у них черная заливка, заданная в формате #000 или #000000), а также все атрибуты stroke и style из кода. А теперь вы задаете вопрос, а почему у вас пропадают цвета? Очевидно они пропадают потому, что вы сами написали код, который их удаляет.