Autoit
Идентификатор окон определить с помощью утилиты идущей в комплекте с ms visual studio - spy, либо sysinternails process explorer (не уверен что будет удобно)
Также autoit может работать с пикселями экрана, запрограммировать изменение цвета пары из них(появление окна), и автоматизировать нажатие кнопок