никак
electron это браузер, и в нем мало сделано чтобы этот браузер не был похож на хромиум (есть эксперименты делать на основе firefox, без разницы), соответственно что бы ты не делал, чтобы все работало в результате должен быть браузер с его профилем и файлами.
гугли electron obfuscation, может что то тебе подойдет, для сокрытия и запутывания исходников