За мультиязыковую поддержку файловых систем отвечает ядро linux (опция
CONFIG_NLS_DEFAULT=utf8 в /boot/config* ), когда то очень давно для решения проблем с кирилицей сюда прописывали koi8 и т.п. (еще есть CONFIG_EXFAT_DEFAULT_IOCHARSET=utf8, полагаю это персональная опция для exfat) и сейчас это дефолтные значения в ubuntu (и нормально их не изменить, т.е. нужно будет вручную пересобирать ядро).
Для очистки совести выполни в консоли locale -a и проверь, есть ли в выводе ru_RU.utf8, но это отвечает больше за вывод в консоли, терминале и в приложениях в принципе. Поэтому в зависимости от того как именно ты работаешь с файлами, наверное это критично.
Чтобы добавить русскую локаль, зайди в GUI настройки OS и добавь ее, будет автоматически установлено необходимое ПО и предложен ребут.
p.s. нужно больше информации, как и куда пишешь файл.
например что будет если файл создать с помощью консольной утилиты
touch имя_файла
Простой
