Хорошо, что вы сами понимаете о чем спрашиваете и знаете как этот бордер должен выглядеть. Нам же этого не видно.
Если нужен бордер на всю ширину окна, то нужно задать его блоку с шириной на всё окно. Благо точно есть body с такой шириной и можно ничего не придумывать.
Альтернатива: прибить абсолютом. В данном случае не ясно чего ради.
QnaTwitt, значит контейнер должен быть не один общий у хедера, а у header__top и header__navigation должны быть контейнеры. и тогда header__top и header__navigation будут на всю ширину.
не сильно понятно что вы в итоге хотите получить, но судя по вашему описанию вам просто надо обернуть ваш хэдер без условно говоря стилей и дать туда бордер