Вычитайте нижнюю границу везде, где рассчитываете проценты. Например, вместо
range.style.left = ((minPrice / rangeInput[0].max) * 100) + "%";
должно быть
range.style.left = ((minPrice - rangeInput[0].min) / (rangeInput[0].max - rangeInput[0].min) * 100) + '%';