Не пойму в чем вопрос у вас вполне рабочий код jQuery
Единственное если у вас несколько инпутов то он конечно не отработает так как вы ждете. так как вы пытаетесь манипулировать не отдельным элементом
$('#input')
а всеми элементами input
$('input')
Вот для примера рабочий вариант на основе вашего кода. Если нужны пояснения пишите поясню.
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<title>Document</title>
</head>
<script src="https://code.jquery.com/jquery-3.6.0.min.js" integrity="sha256-/xUj+3OJU5yExlq6GSYGSHk7tPXikynS7ogEvDej/m4=" crossorigin="anonymous"></script>
<body>
<form action="#" method="post" id="Myform">
<input type="text" name="only_num" id="Myinput" required>
<input type="submit" value="Submit" id="submit">
</form>
</body>
<script>
$('#Myform').on('submit', function(e) {
e.preventDefault();
let input = $('#Myinput');
let currentValue = input.val();
let convertValue = currentValue.replace(/\D/g, '')
input.val(convertValue);
})
</script>
</html>
