Сейчас dir1 и dir2 — это обычные папки. По умолчанию в пакеты не включаются обычные папки, не являющиеся пакетами. Если вы хотите сделать их пакетами, создайте файлы "__init__.py" внутри каждой из них .
Если же они должны быть включены в модуль именно в виде папок со всем содержимым, а не пакетов, то вам нужно создать файл "MANIFEST.in" в корне вашего проекта (то есть на одном уровне с setup.py) и поместить в него следующие директивы:
recursive-include package_name/dir1 *
recursive-include package_name/dir2 *
Затем в setup.py в функцию setup нужно передать параметр include_package_data=True:
from setuptools import setup, find_packages
...
setup(
...
include_package_data=True
)
В таком случае при сборке пакета папки dir1 и dir2 будут включены в него со всем содержимым рекурсивно.
Более подробно о включении файлов данных в пакет:
https://docs.python.org/3/distutils/sourcedist.html
https://setuptools.pypa.io/en/latest/userguide/dat...