Разберитесь как использовать SSH и подключитесь через него к серверу и настройте всё что вам надо.
Может быть лучше вместо SQLite поставить, например, MySQL? Ведь SQLite это безсерверная СУБД, то есть, скорее всего при каждом запросе вам придётся скачивать с VDS всю базу данных и закачивать её всю обратно.
Если нужен именно SQLite, тогда можно попробовать с этим сервером:
тык