Балуны расставьте сразу, а контент загружайте динамически. Загрузка контакнта ajax'ом описана в API, даже есть пример в песочнице. Добавлять контент можно при хавере или клике.
А вот как карта справится с 1000 балунов — я не знаю. Не нашел возможности добавлять балуны динамически при попадании в область видимости, может и есть такая возможность.