bengur2, это в любом случае плохое решение. Всё настраивать надо при сборке образа или в инициализирующем сервис скрипте. Все данные, которые нужны скрипту, хранить в локальном каталоге, который через volume прокидывать внутрь. Тогда перенос будет заключаться в копировании данных и запуске нового контейнера в новом месте.
Собственно, нужно сразу это выучить: docker принципиально предполагает, что контейнер может быть пересоздан в любой момент. Тот же docker-compose пересоздаёт контейнеры при любом изменении параметров безо всяких вопросов. Поэтому проектировать работу с docker надо с учётом этого важного обстоятельства.