Вот материал для изучения. Вордпресс имеет жесткую привязку к названию файлов в теме.
Иерархия шаблонов
То что ты пытаешься сделать называется архивная страница, файл archive.php копируешь в archive-articles.php
у вордпреса есть свои проблемы (они не проблемы если делаешь как надо), в частности global query, это глобальная переменная которая доступна при загрузке определенной страницы. Ели загружаешь архивную страницу в глобалквери содержатся сами посты текущей страницы и собственно пагинация. Функция пагинации берет оттуда данные как и все другие. В твоем коде пример глобальных данный это setup_postdata() но он устанавливает глобальным пост и сбрасывает в конце цикла, а the_title() буред уже данные из глобально установленного поста, если убрать setup_postdata() то the_title() будет брать заголовок страницу на которой он установлен. Так например устанавливается пост когда загружаешь страницу или новость к примеру. Воздействовать на глобал квери можно через хуки, для того чтобы сделать фильтр по записям, например.
