По умолчанию при монтировании файловой системы ставится флаг dirty (для тех, которые имеют поддержку такого флага, а обычные fs для Linux все имеют), а при размонтировании снимается. Если dirty не установлен, то fsck при простом запуске (без дополнительных параметров при запуске из командной строки или через флаг в fstab) не выполняет фактическую проверку файловой системы (точнее, всё же выполняет иногда - через определённое количество монтирований или по прошествии некоторого количества месяцев, но это отдельная настраиваемая история). Просто сразу пишет filesystem clean.
Если отмонтирование не выполнено корректно (например, система была перезагружена без завершения как надо или флешка была резко выдернута), то fsck будет пытаться восстановить файловую систему. При этом на файловых системах с журналированием это может быть сделано достаточно быстро с помощью replay journal. Если же восстановить легко не получилось, то система выкинет в Shell с предложением прогнать fsck самому. В принципе, если файловая система ещё не превратилась в мелко нашинкованные макароны, это может пройти весьма успешно даже с жёсткими флагами fsck -f -y. Но тут уж пользователь сам берёт на себя ответственность.
В общем, проверка файловой системы при запуске происходит по сложным правилам, в том числе на основе указанных в fstab параметров. Кроме того, с помощью fsck.*-параметров загрузки ядра (в данном слуаче через grub) можно явно попросить systemd изменить поведение по умолчанию и, например, принудительно проверить файловую систему, даже если она была отмонтирована корректно. Если эти параметры передать в загрузчик вручную через редактирование в самом grub при загрузке, то на последующие перезагрузки это изменение не повлияет.
