Насколько я понимаю операционка windows?
Я однажды сталкивался с тем, что при большом количестве файлов в корзине начинают сильно тормозить все операции с файлами, особенно удаление.
Плюс рекомендую проверить рабочий винт, однажды такую картину наблюдал перед смертью винта.
Ну и возьмите какую нибудь утилиту, которая покажет обращения к файлам и посмотрите происходят ли они когда вы ничего не делаете.