написал небольшой код(что-то вроде Paint'а на минималках), и пытался сохранить surface использовав при этом pygame.image.save(surface, 'picture.png') сохранив прозрачность, но ничего не вышло.
Что я пытался сделать:
Заменить surface на прозрачную пнг картинку (она абсолютно пуста, я даже использовал convert.alpa())
Задавать colorkey как А-канал
Сделать прозрачным сам surface