Ассемблер = машинный код, по крайней мере они сопоставляются 1-к-1
1.Коды на С++ компилируются сначала в ассемблер или сразу в exe/elf?
Большинство компиляторов сначала компилирует в какое-то промежуточное представление, у же потом в exe/elf/dll/итд
2.Результат дизассеблирования C++ программы это результат работы ассемблера или машинных кодов?
Очевидно: результат дизассемблеривания - это результат работы дизассемблера.