Это слишком общий вопрос. Подсказки Вам следующие:
1. Если решили использовать фреймворк, то используйте его по максимуму или берите из него только то, что нужно, например, только сетку. Бутстрап это позволяет делать
2. Нет ничего плохого в том, что Вы пишете свои классы. Верстать используя только стандартные классы бутстрап можно, но разве что в админках или веб-приложениях, где дизайн не главное
3. Структура сайта зависит от его направленности и многих других факторов
