конфиг - это всего лишь хранилище данных.
поэтому добавив туда что-то, вы ничего не измените, пока не воспользуетесь этими данными в коде.
если вы хотите, чтобы бот реагировал на определенный префикс из конфига, вы можете сделать подобную конструкцию:
if (message.content.startsWith(`${settings.prefix}название_команды1`)) {
/* ... */
} else if (message.content.startsWith(`${settings.prefix}название_команды2`)) {
/* ... */
} // и т.д
тогда, если сообщение будет начинаться с
(префикс)название_вашей_команды
...будет выполняться ваш код.