Такой косяк возникает, когда, например, делаешь поле типа "string" уникальным, или присваиваешь какой другой индекс, а его длина остается стандартной - 255.
Зависит еще от версии сервера MySQL. На 5.7 уже такого нет. Ну если у тебя ниже, то ищи такие поля и уменьшай длину. .
Или можешь сделать как советует Александр Арсентьев, это установит длину всех столбцов в БД.