Вам тут много чего могут насоветовать. Разные есть взгляды на построение файловой архитектуры на сервере.
Лучшее решение -- это решение, которое примете вы сами. Можно придерживаться только нескольких правил:
1. Отдельная папка для CSS. Не кладите CSS файлы туда, где лежит что-то еще.
2. Отдельная папка для ОБЩЕГО js. Т.е. js который вы используете на более чем одной странице, а так же библиотека js функций должны лежать в отдельной директории. Если для отдельных страниц вы используете отдельный js, который нигде более не используется, то его можно положить в папку с отвечающим за страницу php скриптом, как пример: /registration(тут register.php)/js/register.js
3. Что касается php файлов, то тут так просто не ответить. Обычно есть автоматом подключающиеся файлы с классами и файлы отвечающие за отдельные модули(упрощённо -- страницы). Так, автоподключающиеся файлы вы можете положить в /auto/classes(как вариант), а файлы отвечающие за отдельные страницы структурировать по типу "page/page.php".
Это если упрощённо.
