а при обращение к subdomain.site.com перенаправило на 44.44.44.44 (почтовый сервер)
Почтовому серверу пофиг домен при установке соединения, так что ориентруйтесь по номерам портов.
iptables -A PREROUTING -d 22.22.22.22 -p tcp --dport 25 -j DNAT --to-destination 44.44.44.44
iptables -A PREROUTING -d 22.22.22.22 -p tcp --dport 465 -j DNAT --to-destination 44.44.44.44
iptables -A PREROUTING -d 22.22.22.22 -p tcp --dport 587 -j DNAT --to-destination 44.44.44.44
iptables -A PREROUTING -d 22.22.22.22 -p tcp --dport 80 -j DNAT --to-destination 33.33.33.33
iptables -A PREROUTING -d 22.22.22.22 -p tcp --dport 443 -j DNAT --to-destination 33.33.33.33
Если ваш почтовый сервер не использует порт 465/tcp или 587/tcp, то лишние правила можете убрать.