http не поддерживает скачивание папок.
Поэтому простой ответ - никак. Более сложный
Вариант 1
Пройтись по всем папкам, получить список всех файлов и скачивать каждый отдельно.
Вариант 2
На стороне сервера создать архив со всеми файлами и папками и скачать его
Вариант 3
Настроить не web сервер, а что-то другое, ftp/ssh/nfs/samba и воспользоваться клиентом, который умеет работать со структурой директорий (filezilla, rsync, FAR с ftp/ssh плагинами, проводник)