Да, попробуйте InnoDB и попробуйте обернуть запросы в транзакцию. Можно пробовать делать
PREPARE, тоже даст долю ускорения.
Как вариант, можно попробовать
LOAD DATA (правда, он не всем и не всегда подходит): с INSERT работает молниеносно, с UPDATE - нужно пробовать, но скорость всё равно будет гораздо выше, чем просыми запросами.