никак это не поправить. это особенность выравнивания через transform: translate
его вообще не нужно использовать на областях, где пользователь должен взаимодействовать с элементами. максимум мелкие вещи повыравнивать.
в твоем случае переделай модалку так, чтобы через absolute или fixed на весь экран был родитель. а внутри него модалка центрировалась через flex, к примеру:
.popup-wr {
display: flex;
align-items: center;
justify-content: center;
}