Правильно ли я понимаю, что после того как биос загрузил загрузчик в память, тот в свою очередь должен посекторно считывать диск и загружать считанное в память.
"Посекторно считывать диск" можно, например, понимая структуру файловой системы и читая файл с ядром ОС. Номера секторов при этом могут не идти друг за другом, а определяться какой-нибудь служебной таблицей файловой системы, например FAT. В этом случае ядро для загрузки можно будет записывать просто как файл на файловую систему.