Ищем индекс одного (первого встреченного) элемента, присутствующего в обоих массивах:
const index = arr1.findIndex(n => arr2.indexOf(n) !== -1);
Получаем индексы всех таких элементов:
// просто массив индексов
const indices = arr1.reduce((acc, n, i) => (arr2.includes(n) && acc.push(i), acc), []);
// объект вида { элемент: индекс первого вхождения }
const indices = arr2.reduce((acc, n) => (
acc[0].hasOwnProperty(n) && (acc[1][n] = acc[0][n]),
acc
), [ arr1.reduce((acc, n, i) => (acc[n] ??= i, acc), {}), {} ])[1];
// Map вида { элемент: массив всех индексов данного элемента }
const indices = arr1.reduce((acc, n, i) => (
acc[0].has(n) && acc[1].set(n, acc[1].get(n) ?? []).get(n).push(i),
acc
), [ new Set(arr2), new Map ])[1];