Красить объект нужно через материал (через текстуру - тогда материал один, через цвета - тогда для каждого цвета - свой материал).
Для этого 3D объект должен быть подготовлен определенным образом: на нём должна быть реализована uv-сетка (определенным образом под конкретную задачу. Ее можно генерировать процедурно, либо шейдером
подгонять текстуры под нее, но это дорого по времени выполнения, не всегда универсально, да и в большинстве случаев не нужно).
Резюмирую: подойти к 3D-шнику и сказать: "мне нужно менять вот эту, эту и эту часть меша. Сделай для этого развертку/разные материалы.".