Это стандартное поведение html - интерпретировать спецсимволы (< br> - это не спецсимвол, в input text понятное дело интерпретируется как текст), битрикс в этом не виноват.
В текстовых полях, например в описание для анонса, когда пишешь
то на самом деле там
&nbsp;
Можешь также сделать, но придется править шаблоны, где выводятся эти значения
$value = 'Тестовая и&nbsp;строка<br/>тут';
htmlspecialchars_decode($value)
// скорее всего даже
htmlspecialchars_decode(htmlspecialchars_decode($value)))