Постановка вопроса некорректная.
Скрипт имеет право на все что угодно, но делать это самое все что угодно он будет от имени пользователя веб-сервера, www-data например (это типично для debian)
100% - если вы в скрипте создаете файл, например, file_put_contents('my_file.txt', 'hello world'), то с файлом 'my_file.txt' ваши скрипты смогут делать все что угодно.
99% - вы сможете читать любые файлы
А вот если вы попробуете записать в уже имеющийся файл или папку, то тут все зависит от того, какие права и кто создал эти файл/папку.
.htaccess тут вообще ни при чем