Первое это проверить файловую систему, второе проверить вашу сборку пхп, в старых версиях пхп было такое явление на 32 бит сборках, ну и показать бы сам код вашего импорта
Если найду, закину сюда свой импорт
$dir = 'uploads';
$newFile = basename(rtrim($url, '/'));
$uploadFile = new SplFileObject($url, 'rb');
$file = new SplFileObject($dir . DIRECTORY_SEPARATOR . $newFile, 'w');
$file->setFlags(SplFileObject::SKIP_EMPTY);
if ($file->flock(LOCK_EX)) {
$file->ftruncate(0);
while (!$uploadFile->eof()) {
$file->fwrite($uploadFile->fgets());
}
}
$file->flock(LOCK_UN);
Ещё настойки сервера может надо посмотреть