Если это пароли от какого-то скажем сервиса, то можно сделать прокладку на своей стороне, которая будет принимать запрос от ПО, делать запрос с паролями и отдавать ответ назад.
Если эти пароли должны быть вместе с софтом, то нет. Можно немного усложнить их поиск, но чтобы было невозможно - нельзя.