$mata["reply_markup"] = json_encode([
"keyboard" => [
[["text"=>"Кнопка в одну строку"]],
[["text"=>"левая кнопка"], ["text"=>"правая кнопка"]], // вторая строка
[["text"=>"Кнопка в одну строку"]],
]
]);
Дело в массивах. Есть массив, в котором каждый массив - строка. В этом каждом массиве - каждый другой массив - кнопка
В твоём случае:
$inline_keyboard_questions_account = [
[
['text' => '№1', 'callback_data' => 'question 1'],
['text' => '№2', 'callback_data' => 'question 2'],
['text' => '№3', 'callback_data' => 'question 3']
],
[
['text' => '№4', 'callback_data' => 'question 4'],
['text' => '№5', 'callback_data' => 'question 5']
]
];