На OSDev Wiki прочитал что работать с pci невозможно из защищённого режима в котором я и "сижу".
где именно прочитал? Прочитай внимательно ещё раз. Для взаимодействия с конфигспейсом PCI на x86 нужно
использовать порты ввода/вывода 0xCF8 и 0xCFC. Через них можно настроить BARы PCI-устройства, т.е. разместить его регистры/память в физическом адресном пространстве.
Как тогда войти в виртуальный режим?
в какой "виртуальный" режим?